FTPクライアントを利用してRaQ550サーバーに接続する場合、サイトの管理者、またはサイトユーザのアカウントID（ユーザ名）とパスワードを利用してサーバーへファイルのアップロードを行うことができます。（※FTPクライアントソフトの利用方法につきましては、ご利用のソフトウェアに依存する内容となりますのでここでは省略させていただきます。）
RaQ550におけるサイトのウェブ領域のディレクトリ構成はサイトを追加するたびに以下のように設定されます。
仮想サイト1 /home/.sites/28/site1/web
仮想サイト2 /home/.sites/143/site2/web
仮想サイト3 /home/.sites/106/site3/web
仮想サイト4 /home/.sites/70/site4/web
仮想サイト5 /home/.sites/33/site5/web
仮想サイト6 /home/.sites/148/site6/web
仮想サイト7 /home/.sites/112/site7/web
仮想サイト8 /home/.sites/75/site8/web
仮想サイト9 /home/.sites/39/site9/web
仮想サイト10 /home/.sites/48/site10/web
1つ目に設定したサイト（仮想サイト1。弊社にてお引渡し時に初期設定を行ったサイト）のウェブデータをアップロードする場所は、/home/.sites/28/site1/webとなります。このウェブディレクトリに置かれたデータが、『http://ドメイン名』でアクセスできるデータです。
FTPでログインを行う際には、特に指定がなければユーザのホームディレクトリへ接続されます。
仮想サイト1の"raq"というユーザであれば、/home/.sites/28/site1/.users/数字/raqがホームディレクトリとなります。「数字」はサイトのディレクトリに割り振られるのと同様に、各ユーザにもその数字が割り振られます。
ユーザ毎のウェブ領域は、上記の例では/home/.sites/28/site1/.users/数字/raq/webとなり、このウェブデータへアクセスする際は、『http://ドメイン名/~ユーザ名/』とブラウザのアドレス欄に入力します。
また、ディレクトリの移動を行う際には/home/sites/以下にドメイン名でのシンボリックリンクが設定されていますので、ここから各サイトのデータ領域へ移動を行います。
仮想サイト1の「bitsite.net」というサイトのディレクトリへ移動する場合は、/home/sites/bitsite.netと指定することで、/home/.sites/28/site1へ移動します。
 仮想サイト1「bitsite.net」の場合
本来のディレクトリ /home/.sites/28/site1
シンボリックリンク /home/sites/bitsite.net 同様に各ユーザディレクトリにもシンボリックリンクが設定されています。
仮想サイト1「bitsite.net」のユーザ"raq"の場合
本来のディレクトリ /home/.sites/28/site1/.users/数字/raq
シンボリックリンク /home/.sites/28/site1/users/raq
(/home/sites/bitsite.net/users/raq)
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